卵巢囊肿的病因相对来说是比较复杂的，一般来说，都是由于多种因素共同作用而引起，并且，由于卵巢囊肿的病因非常复杂，所以，在预防上有很大的局限性，但也有预防的重点方面，下面就卵巢囊肿的病因进行介绍：

1.遗传和家族因素：约20～25％卵巢肿瘤患者的直系亲属中有肿瘤患者。

2.内分泌因素。卵巢肿瘤多发生在未产妇或未生育妇，妊娠对卵巢肿瘤似有对抗作用，认为每日排卵所致卵巢表层上皮细胞反复破损与卵巢肿瘤发生有关。另外，乳腺癌、子宫内膜癌多并发卵巢肿瘤，此三种疾病都对此激素有依赖性。

3.生活方式因素。长期的饮食结构，生活习惯不好、心理压力过大造成体质过度酸化、人体整体的机能下降，免疫功能下从而发展为卵巢组织异常增生，终致卵巢囊肿，甚至癌变。

4.环境因素。食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成份。工业发达国家及上层社会妇女卵巢癌发病率高，可能与饮食中高胆固醇有关。另外，电离辐射及石棉、滑石粉会影响卵母细胞而增加诱发卵巢肿瘤的机会，吸烟及维生素A、C、E的缺乏也可能与发病有关。

卵巢囊肿在早期的危害一般都不大，但如果卵巢囊肿病情长期存在的情况下，一定会刺激到卵巢，导致卵巢出现男性损伤，致使其他疾病的形成，而卵巢囊肿是否可以引起卵巢癌，这方面还没有足够的证据。