对卵巢囊肿的治疗，当代医家多以破瘀散结、理气化痰为法，以温经汤、桂枝茯苓丸、少腹逐瘀汤等为主方。此三方均适用于子宫肌瘤及妇科恶性肿瘤，但温经汤常用于寒热交结的恶性肿瘤；桂枝茯苓丸多用在寒热并见的子宫肌瘤；少腹逐瘀汤则治疗瘀血症状明显的子宫肌瘤，而卵巢囊肿的病人多为血水互结，选用当归芍药散更适合病情。

当归芍药散出自《金匮要略·妇人杂病脉症并治》：“妇人腹中诸疾痛，当归芍药散主之。”用于治疗妇女血水不利之多种腹痛证。当归芍药散中，当归、白芍、川芎活血，白术、茯苓、泽泻利水，相辅相成，能有效扭转血不利则为水、水不利则血不和的病理状态。在以此方主的基础上，王三虎常加泽兰、益母草、水红花子等活血利水之品或随证伍以皂角刺、穿山甲、猫爪草等软坚散结之药。对于舌体胖大、湿邪较重者加用瞿麦、车前草、马鞭草利水祛湿；舌暗淡、遇寒不适、寒湿症状明显者则加台乌药、吴茱萸、小茴香等温阳散寒；舌苔黄腻、大便秘结、小便黄、湿热显著者加用黄柏、栀子、薏苡仁等清热利湿；连翘、蒲公英、白芷、败酱草、拳参清热利湿消肿散结；胁痛腹胀者加用柴胡、香附、丝瓜络、降香、路路通疏肝理气通络；血瘀明显者加用三棱、莪术、桃仁、红花、水蛭等活血化瘀；疼痛者加元胡、川楝子活血止痛。