子宫内膜结核多由输卵管结核扩散蔓延而来。女性生殖器结核先感染输卵管，然后逐渐蔓延至子宫内膜、卵巢、宫颈等处。由于子宫内膜有周期性脱落而使内膜结核病灶随之排出，病变多局限于子宫内膜。早期呈散在粟粒样结节，极少数严重者病变侵入肌层，宫体大小正常或略小，外观无异常。

当结核杆菌感染机体后，一般不马上发病，而是经过一段潜伏期。在潜伏期间，当机体处于抵抗力差的情况下，结核杆菌便能侵犯子宫内膜，最终将累及到内膜基底层。

刮取的子宫内膜镜下可见结核结节，严重者出现干酪样坏死。典型的结核结节中央为1～2个巨细胞，细胞呈马蹄状排列，周围有类上皮细胞环绕，外侧则有大量淋巴细胞和浆细胞浸润。子宫内膜结核结节的特点是结核结节周围的腺体对卵巢激素反应不敏感，表现为持续性增生或分泌不足。严重的内膜结核可出现干酪样坏死而呈表浅的溃疡，致使内膜大部分或全部被破坏，以后还可形成瘢痕，内膜的功能全部丧失而发生闭经。