卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄、是否恶性、囊肿的部位、体积、大小、生长速度、是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。

（1）卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。 （2）输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。值得注意的是关于较大卵巢囊肿的手术处理，应不计切口大小，以完整切除为宜，以免破患者脉搏内容物溢入腹腔或切口，术中要注意腹压快速变化引起患者脉搏、呼吸、血压的变动，必要时加速输液或输血、输氧，更要预防早期发现急性胃扩张，麻痹性肠梗阻以及由此而引起的水、电解质平衡失调等。 （1）多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶。由于卵巢恶性囊肿常与子宫，附件粘连或浸润，浑然一体，且紧贴盆腹膜，故现多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，又如大网膜切除、部分肠切除、部分膀胱、输尿管切除。 （2）可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。